1.浸泡消毒法。它是利用消毒液浸泡飲水機的各個管路，消毒液有效成分以二氧化氯、雙氧水為代表：二氧化氯成本低，但殘留不易清洗;雙氧水的殘留易清洗，但價格高。
使用二氧化氯消毒時，用50～100mg/L濃度的溶液浸泡5分鍾，即可達到消毒目的;使用雙氧水消毒時，浸泡時間同為5分鍾，但濃度為1.5%。另外，甲醛、二醛等醛類消毒劑盡管殺菌能力很強，但刺激性氣味大，而且無法對飲水機的內膽、管壁、分水管道等部位進行循環衝洗，難以將汙物帶出，因此不向大家推薦。
2.噴淋循環消毒法。它是利用“高壓噴淋”的工業消毒原理，從飲水機進水口噴射消毒劑，通過高壓使消毒水流在飲水機“體內循環”，藥液回收後無須再用水洗，費用與浸泡消毒法相當，已受到許多飲水機生產廠商的關注。
3.釋放臭氧消毒法。在飲水機冷水腔和熱水腔內的剩水放完的情況下，將消毒插頭插在飲水機進水口處，接入臭氧發生器的膠管，打開臭氧發生器電源，通入臭氧15分鍾。然後，打開冷水嘴，用臭氧對冷水流通管道消毒，5分鍾後關閉冷水嘴，再打開熱水嘴對熱水管道進行消毒。
步驟：
1.去電源插頭，取下水桶，打開飲水機後麵的排汙管口(一般為白色塑料材質的旋鈕)，排淨餘水。然後，再打開冷熱水開關放水。
2.取下“聰明座”(就是飲水機內接觸泉水桶的部分)，用酒精棉仔細擦洗飲水機內膽和蓋子的內外側，為下一步消毒做準備。
3.按照去汙泡騰片或消毒劑的說明書配置消毒水(去汙泡騰片和專用消毒劑超市都有賣，價格也不貴)，導入飲水機，使消毒水充盈整個腔體，留置10~15分鍾。
4.打開飲水機的所有開關，包括排汙管和飲水開關，排淨消毒液。
5.用清水連續衝洗飲水機整個腔體(這個過程建議把飲水機搬到衛生間裏，保證水量充沛)，打開所有開關排淨衝洗液體。
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